Nel 987 la chiesa divenne sede vescovile di Capri e nel corso dei secoli subì diversi interventi di ampliamento e modifica, tra cui la sopraelevazione della casa canonica realizzata nel 1928. Il portale d’ingresso, risalente al XIV secolo, è sormontato dallo stemma degli Angioini. L’edificio venne costruito nel V secolo sulle rovine di una precedente struttura romana di età tardo-repubblicana; durante il restauro del 1990 sono stati riportati alla luce e valorizzati il pavimento romano e il muro in laterizio. La sua architettura richiama elementi di tradizione bizantina, con pianta a croce greca e caratteristiche volte a cupola.